Sus orígenes, como sucede con tantas otras ciudades, son legendarios: Caco, arrojado por Hércules desde el Moncayo, vino a refugiarse y llorar sus penas aquí antes de partir hacia Italia, según cuenta la suma de la coronita y blasón de armas y pendón de la Villa de Ágreda del año 1460.
Edificada sobre un terreno irregular, tuvo su origen en el barranco de la Muela, zona estratégica y fácilmente defendible. Se han localizado restos celtibéricos en el municipio, pero los testimonios más firmes de población como tal se remontan a la época emiral, en torno al S. IX.
Fue reconquistada por Alfonso I el Batallador en 1118 y repoblada en época de Alfonso VII con gentes de poblaciones de la serranía Soriana: Yanguas, San Pedro Manrique y Magaña. Todos los reyes castellanos del medievo otorgaron numerosos privilegios a la Villa, por mantenerse fiel a ellos en detrimento de los otros reinos limítrofes. Prueba de ello es que Ágreda gozara de fuero propio, concedido por Alfonso X el 27 de marzo de 1260, durante toda la Edad Media.
La Villa se configura como lugar de convivencia pacífica de tres culturas: árabe, judía y cristiana, que perdura hasta 1492 con el decreto de expulsión de los judíos por los Reyes Católicos.